آلودگی آبها یکی از معضلات موجود در جهان و کشور است که ضرورت کنترل آن امری بدیهی است رودخانه کارون پس از ورود به دشت خوزستان درمعرض تغییرات شدید فیزیکی و شیمیای قرار می گیرد شورشدن آب کارون بخصوص در فصول کم آبی باعث کاهش کیفیت مطلوب آن برای مصارف شرب و صنعت خواهد گردید. از طرفی استفاده از آب شور برای کشاورزی باعث تخریب تدریجی اراضی کشاورزی تحت آبیاری خواهد شد در این تحقیق با بررسی آمار کیفیت آب رودخانه تغییرات مکانی کیفیت و سپس مناطق حاد از نظر شوری شناسایی گردید. با نمونه برداری از آبراهه های ورودی به رودخانه در این محدوده ها و سنجش کیفیت آب آنها رودهای با کیفیت نامطلوب شناسایی و سپس خصوصیات زمین شناسی حوزه آبریز این رودخانه ها و نقش سازندهای زمین شناسی تشکیل دهنده آنها بر روی کیفیت آب آبراهه مورد بررسی قرار گرفت که نتایج به دست آمده نشان میدهد که متوسط EC از مقدار 450 میکروموس به 700 میکروموس افزایش یافته که دلیل آن ورود آبراهه هایی با کیفیت نامناسب و عبور از تشکیلات تبخیری و نمکی گچساران و آغاجاری می باشد.